Aeby hatte vor einem Monat die Nachfolg des entmachteten Pierre-André Schürmann angetreten. Im Herbst war der ambitionierte Klub fünf Runden lang auf Platz 2 klassiert. Der Absturz begann in den letzten Hinrunden-Wochen und akzentuierte sich in der Rückrunde. Mitverantwortlich für den Fall waren nicht zuletzt die Abgänge der beiden Stürmer Mario Gavranovic (Schalke) und Ideye Brown (Sochaux).

Schürmanns Nachfolger Aeby betreute Neuchâtel Xamax bereits in der Rückrunde der Saison 2008/2009 zusammen mit Alain Geiger, bevor er seine Funktion als U21-Coach wiederaufnahm. Zuvor hatte der 43-jährige Ex-Internationale von 2005 bis 2008 bei Servette unter Vertrag gestanden.