Baltisser war bereits 1996 bis 1999 Generalsekretär der SVP Schweiz. Danach arbeitete er in der PR-Branche und amtete als Gemeinderat der Berner Gemeinde Bremgarten. Das SVP-Generalsekretariat übernimmt er zum zweiten Mal auf den 1. Juli 2009, wie die SVP mitteilte.

Sein Vorgänger Yves Bichsel war Mitte letzten Jahres nach nur fünf Monaten im Amt zurückgetreten. Er gab damals familiäre Gründe für den Schritt an. Seit seinem Rücktritt leitet Silvia Bär das SVP-Sekretariat.

Zudem sprach sich der Zentralvorstand gegen beide eidgenössischen Vorlagen aus, die am 17. Mai zur Abstimmung kommen. Er fasste in Le Locle NE die Nein-Parole zur Komplementärmedizin-Initiative und zum biometrischen Pass.

An letzterer Vorlage stört das Gremium insbesondere, dass der Bundesrat selber entscheiden kann, welche amtlichen Ausweise mit einem Chip versehen werden und welche Daten auf diesem Chip gespeichert werden.

Der SVP-Zentralvorstand lehnt die Speicherung der Daten in einer zentralen Datenbank auch "aus freiheitlichen Überlegungen ab", wie es in einem Communiqué heisst. Die Einführung von Ausweisen mit biometrischen Daten wird von einem links-grünen Komitee bekämpft.

Das SVP-Gremium sprach sich auch gegen den Verfassungsartikel zur Komplementärmedizin aus. Komplementärmedizin sei als typische Zusatzleistung über eine Zusatzversicherung zu finanzieren. Einen weiteren Ausbau des Grundleistungskatalogs und damit verbundene höhere Prämien lehnt die SVP ab.