Als Arzt sei er seiner Berufung auch dann noch mit Leib und Seele gefolgt, als er selbst bereits schwer krank war, teilte die Familie mit. Brunner war Spezialarzt für innere Medizin und Herzkrankheiten und absolvierte eine Zusatzausbildung im öffentlichen Gesundheitswesen und Gesundheitsökonomie. Am 1. Juli 2004 wurde er zum Vizedirektor des BAG ernannt. Zuvor hatte er 10 Jahre lang die Schweizerische Ärztevereinigung FMH geleitet.

Mit seiner Ernennung zum Vizedirektor hatte das BAG die Hoffnung verbunden, die Reformschritte nach dem Scheitern des revidierten Krankenversicherungsgesetzes voranzutreiben. Anfang 2006 trat Brunner dann allerdings nach nur eineinhalb Jahren Tätigkeit zurück, um wieder vermehrt als praktizierender Arzt tätig zu sein. Sein Rücktritt wurde auf fachlicher und politischer Seite mehrheitlich bedauert.