Die Anfänge der Burg Wildenstein sind unbekannt. 1301 wird sie als Allod der Schenken von Kasteln erstmals erwähnt. Die mittelalterliche Burg wird ab 1640 unter Hans Thüring Effinger zu einem barocken Wohnschloss. 1720 verkauft Franz Friedrich Effinger Wildenstein an den Handelsmann David Sprüngli. Auf Begehren des Schenkenberger Obervogtes Johann Rudolf von Luternau muss Sprüngli Wildenstein dann zwangsweise an Bern verkaufen, damit der Obervogt Wildenstein anstelle der baufälligen Burg Schenkenberg beziehen kann. Bis ins Jahr 1798 residieren 15 Obervögte auf Schloss Wildenstein.

1798 geht Wildenstein an den neu geschaffenen Kanton Aargau, der das Schloss 1804 verkauft. 1819 wird die Besitzung versteigert, das Schlossgebäude und die zugehörigen Landparzellen werden voneinander getrennt. Der Zürcher Maler Karl Friedrich Irminger kauft das Schloss 1840 und verkauft es im selben Jahr an Rudolf Emanuel Effinger weiter. Ab 1894 gehört das Schloss Pauline von Sinner-von Effinger. Sie vererbt es als Stiftung für wohltätige Zwecke, verwaltet durch ihre Schwester Julie von Effinger. Diese gibt die Verwaltung bald an Verwandte weiter. 1927 wird Pfarrer Adolf Frey neuer Verwalter. Frey war Vorsteher des Diakonissenhauses Bern und baut ab 1928 ein Altersheim des Diakonissenhauses auf, es existiert bis 1972.

Im gleichen Jahr erwirbt der Kanton Aargau die Anlage und verkauft sie 1973 an eine private Stiftung. 2004 taucht auf der Internet-Plattform Ebay ein ominöses Inserat auf, auf welchem das Schloss für fünf Millionen Franken angeboten wird. Gebote treffen keine ein. 2010 wird Schloss Wildenstein konkursamtlich versteigert. Der neue Besitzer Samuel Wehrli aus Suhr erhält für 2,575 Millionen Franken den Zuschlag.

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