Werner Müller ist seit 1998 im Gemeinderat von Wittnau und seit 2010 Gemeindeammann. Weiter ist er Vizepräsident im Verein für Altersbetreuung im oberen Fricktal und Vorstandsmitglied der regionalen Leichtathletikanlage Stein. Er arbeitet als technischer Projektleiter. Werner Müller ist verheiratet und hat drei erwachsene Kinder.