Am 11. April 1507 brannte das Kloster Wettingen zu einem Grossteil nieder. In den folgenden zehn Jahren wurde es wieder aufgebaut und zu Maria Himmelfahrt 1517 neu eingeweiht. Zum 500-Jahr-Jubiläumsfeier der Wiedereinweihung am Sonntag 13.08. reist der Abt von Wettingen, Anselm van der Linde, mit dem Orden aus der Abtei Wettingen-Mehrerau aus Bregenz an, wo der Konvent seit 1854 lebt.

Als der Kanton Aargau 1841 das Kloster Wettingen, wie auch die anderen Klöster im Kanton aufhob, wurde dies kirchenrechtlich nicht anerkannt. Die sieben übrig gebliebenen Wettinger Mönche, unter ihnen der Pater und Komponist der Schweizer Nationalhymne, Alberich Zwyssig, zogen aus und suchten sich eine neue Bleibe. Sie fanden diese in den Resten der 1806 aufgehobenen Benediktinerabtei Mehrerau in Bregenz und kauften die Gemäuer. Um das Zisterzienserkloster zu gründen, brauchten sie die Erlaubnis des Österreichischen Kaiser Franz Joseph I.. Der damalige Abt Leopold Höchli sprach persönlich beim Kaiser vor. Dieser erliess ein Dekret, dass die Bevölkerung von Bregenz und Vorarlberg die Mönche in St. Margrethen abholen und ins Kloster begleiten.

Gleich im ersten Jahr eröffneten die Mönche eine Lateinschule, aus der später das Collegium Bernardi mit Gymnasium, Handelsschule und Internat heranwuchs. Bis 1880 lebten wieder so viele Mönche in der Mehrerau, dass ehemalige Zisterzienserabteien wieder erworben und besiedelt werden konnten: 1888 Marienstatt im Westerwald, 1898 Sittich im Slovenischen Krain, 1939 Hauterive in Freiburg. 1919 erwarb das Kloster die Wallfahrtskirche Birnau und das nahe gelegene Schloss Maurach und errichtet dort ein Priorat. bis zum Zweiten Weltkrieg lebten rund 120 Mönche in Mehrerau. Danach ging die Zahl zurück bis auf 29 Mönche. Heute gehören der Zisterzienserkongregation über 20 Klöstern in Österreich, der Schweiz, Deutschland, Slowenien, Italien und den USA an.

Die Zisterzienserabtei Wettingen-Mehrerau ist als Territorialabtei kirchenrechtlich direkt dem Heiligen Stuhl in Rom unterstellt.