Im Buch «Die Zisterzienserabtei Wettingen» berichten Anton Kottmann und Markus Hämmerle über das Ereignis: Am 11. April 1507 brannten Kirche und Klostergebäude zum grössten Teil nieder. Die Feuersbrunst verursacht haben soll der junge Pater Johann Schnewly, der dabei war, nach der Tradition des Klosters Raketen herzustellen. Der Mönch soll wegen dieser Fahrlässigkeit von den Schirmorten aus dem Kloster weggeschickt worden sein; vielleicht wurde er Schaffner im Zisterzienserinnenkloster Magdenau. Es mag Ironie des Schicksals gewesen sein, dass dieselben Schirmorte den Zerstörer der Klostergebäulichkeiten 1531 zum Restaurator des Klosterkonventes erhoben.


Räte schalten sich ein
Der Brand legte «das Münster, Orgeln, Thurm, Altartafeln, Gstühl im Chor, Büecher sambt allen Kirchen-Zierden, Creützgang, Refectorium, Keller vunt alle Vass sambt 300 Saum wyn, Kuchi und etliche Stuben undt anders viel mehr» in Asche, berichtet der «karthäuserpater» Heinrich Muter in seiner Wettinger Chronik und fügt bei, «wan die Burger der Statt Baden sambt anderern benachparten nit so thrüwlich zu hilff kommen, weri das gantze
Gottshuss verbrunnen». Hilfe kam in der Tat nicht bloss vonseiten Badens und der Bauern der Umgebung, sondern auch vom Landvogt und den eidgenössischen Schirmorten. Schon im Juni, damals ging alles noch etwas länger, erschien eine Abordnung im Kloster, um den Wiederaufbau zu beraten und einen Baumeister aus Zürich vorzustellen, der zusammen mit Abt Ulrich Trinkler aus Kappel einen Plan ausarbeiten sollte. Dazu beschlossen die eidgenössischen Räte einen Kredit von 1000 Gulden.

Nun ging es an den Wiederaufbau. Da die Mauern grossenteils standgehalten hatten, konnte man sich damit begnügen, die Dächer aufzurichten und zu decken sowie die hölzernen Inneneinrichtungen wie Altäre in der Kirche und Decken, Getäfer, Möbel in den Konventgebäuden zu reparieren beziehungsweise zu ersetzen. Obwohl man mit dem Geld sparsam umging, stiegen die Kosten doch höher als zunächst berechnet. Nach etwas über 10 Jahren, am 29. April 1519, konnte der apostolische Legat und Bischof von Veroli, Ennius Philonardus, Kirche, Altäre und Kloster wieder einweihen.
Die Abtei besass wieder Gebäulichkeiten, die wahrscheinlich recht armselig und geflickt aussahen und in der folgenden Zeit noch vieler Zutaten und Verbesserungen bedurften. Das wurde die Aufgabe der Äbte der katholischen Reformzeit. Im Band VIII der «Kunstdenkmäler des Kantons Aargau» geht Peter Högger auch auf den Brand der Zisterzienserabtei Marisstella ein. Er erwähnt einen «Valenrin Scharpff, der in eifriger Hilsbereitschaft ein brennendes Dachholz von den bedrohten Altären wegzuschleppen versuchte und dabei erschlagen wurde». Die Umfassungsmauern, die Schiffspfeiler und die Gewölbe in den Ostteilen hielten dem Brand stand. Fast 7 Jahre nach dem Feuer waren die Schäden in der Kirche immer noch nicht ganz behoben.


Glaubenskrieg im Kloster
1529 wurde das Kloster sozusagen reformiert. Im April 1528 hatten die Mönche den Grosskeller Pater Georg Müller, einen Badener, zum neuen Abt gewählt. Im August 1529 kam der Berner Staatsmann und Maler Niklaus Manuel nach Wettingen. Er ermunterte die Mönche, zum neuen, reformierten Glauben überzutreten. Er hatte damit einigen Erfolg. Schliesslich blieben die altgläubigen Patres im Kloster. Sie genossen den Schutz des Landvogtes und der
Stadt Baden. Dann leiteten sie die Rekatholisierung ein und feierten am 25. November 1531 erstmals, nach 1529, wieder eine Messe in der Klosterkirche. Zum Verwalter des Klosters ernannte der Landvogt provisorisch Pater Johann Schnewly, der seit seiner Wegweisung im Frauenkloster Wurmsbach gelebt hatte. Ebenfalls 1531 durfte Abt Gregor zurückkehren.

Gegen den Widerstand von Zürich setzten die katholischen Orte dann die Ernennung von Schnewly zum Administrator durch. Der Konflikt zwischen den neugläubigen um Abt Gregor und den katholisch gebliebenen Mönchen hielt an. Schliesslich wurde dem Abt und den neugläubigen Mönchen eine Pension ausbezahlt und sie wurden weggeschickt. Gregor soll einige Jahre als «Herr Jörg» in Zürich gelebt haben. Im Konvent blieben nur noch wenige Mönche. Dem nun abtlosen Kloster drohte der organisatorische Zerfall. Da ernannte die Tagsatzung am 10. Februar 1534 den bisherigen Schaffner Johann Schnewly zum Abt. Er trat das Amt als Johann VI. an. Am 25. November 1539, 8 Jahre nach der Wiedereinführung des katholischen Gottesdienstes in der Klosterkirche, starb Abt Johann Schnewly. Der Konvent zählte damals gerade noch 8 Mönche. Am 14. Januar 1841 wurde das Kloster aufgehoben.